A história começa quando o detetive particular Harry Goodman desaparece misteriosamente, levando seu filho Tim, de 21 anos, a tentar descobrir o que aconteceu. Quem ajuda na investigação é o antigo parceiro Pokémon de Harry, o Detetive Pikachu: um adorável superdetetive divertido e brincalhão que é um enigma até para si mesmo.